Desde 2005 el Museo Precolombino no ha faltado ni un solo año a su tradición navideña. La costumbre española de montar un belén o nacimiento por Navidad también se exportó a México durante la época colonial. En los primeros años de su exposición tanto el belén como las figuras eran de pequeño tamaño.
En 2017 el belén ocupó una sala menor del museo y se inauguró con 13 piezas realizadas ex profeso que imitaban las piezas de los nacimientos tradicionales mexicanos pero a gran escala: el misterio, con la Virgen María, San José, el niño Jesús, la mula, el buey, así como los tres reyes magos, el ángel y dos pastorcillas presidían la escena, a la que ya se le añadieron otros elementos típicamente mexicanos: telas tradicionales, muñecas maría, nopales, una iguana y un armadillo completaban el nacimiento.
Con los años se añadieron figuras: la anciana cocinando tortillas de maíz, la vendedora de fruta, el refugio para los pastores y ovejas, un mexicano durmiendo la siesta frente a una fogata... por lo que tuvo que crearse un contexto adecuado para ubicar a todos estos personajes, recreándose un cielo estrellado, elementos silvestres... todo coronado por papel picado y una piñata, típica de las fiestas navideñas mexicanas. En el año 2019 el paisaje campestre se sustituyó por una plaza de mercado que en 2022 ocupaba toda la Sala 2 de la planta principal, y a la que se le añadió una nueva escena: unos niños jugando a la piñata.
La inauguración del belén siempre se acompañó de tradiciones tanto españolas, como mexicanas. Por la parte española, siempre se amenizaba la velada de la inauguración con los villancicos interpretados por la pastoral de Benalmádena. Por la parte mexicana, se celebraban “Las Posadas”, una representación típica del país Mesoamericano que emula el peregrinaje que tuvieron que hacer María y José para encontrar alojamiento en Nochebuena (aunque también se coló algún que otro mariachi).