La colección precolombina está conformada por tres áreas: Mesoamérica, que en líneas generales corresponde al Antiguo México, Andes Centrales, que abarca principalmente el Antiguo Perú, y la denominada Área Intermedia entre estas dos grandes civilizaciones, que engloba los actuales países de Nicaragua, Colombia y Ecuador.

El Museo de Arte Precolombino, que es también Museo Municipal, cuenta con una colección de piezas arqueológicas halladas en diferentes enclaves de la localidad, que constituye todo un recorrido por la historia del municipio, desde sus primeros pobladores, con restos datados en más de 18.000 años de antigüedad, hasta época romana. La colección arqueológica incluye un pequeño apartado de tesoros submarinos con piezas recuperadas de un naufragio del siglo XIX.

Por último, el edificio alberga una pequeña colección de pinturas del fundador, Felipe Orlando, un verdadero humanista, que no sólo fue pintor y coleccionista de arte precolombino, sino antropólogo, escritor y una figura clave en la vida cultural de Benalmádena.